可以说现在是日本面临倒幕维新成功以来最大的危机，如果东京被人民军攻占，那么日本就彻底完了，就算能撤出东京，但权威性必然大降，难以再控制局酉，相反如果日本这次能够守住东京，那么必然大大提振日本的民心士气，说不定还会给日本带来一丝转机，因此日本也立刻决定成立东京防御指挥部，由山县有朋亲自担任指挥官，寺内正毅任副指挥兼参谋长。这也是目前日本的高级陆军军官中，有指挥大规模战争经验的人选。
而山县有朋上任之后，一方面下令东京各地的驻军加强备守，在人民军攻来，必须死守阵地，绝不许后退，并且又命令寺内正毅亲自赶赴人民军要由水户进攻东京必经的石冈督战，这另一方面又下令从日本各地调集军队，增援东京。
就在人民军在水户登陆的第三天，人民军集中了大约2万军队，向石冈发动了进攻。而日军驻守石冈的是37师团，这个师团在目前的日本也算是精锐部队，但在人民军面前，却完全不是对手。
人民军首先集中迫击炮部队，向日军的阵地发动了猛烈的轰击。其实日军的防御阵地布置得还算中规中矩，对炮有一定的抵抗力，但日军的士兵基本都是初次上阵，更是第一次经历这样的炮击，以前那里见过这样的场面，一个个都吓得不知所措，大多数人都趴在战壕里，不敢动弹，而在战前立下的与人民军决一死战的豪言壮语早就被抛在了脑后。
当然也有少数脑袋一跟筋的人，到是真不怕死，在阵地里高呼“天皇万岁”但在人民军发射炮弹的轰击下，顿时被炸得粉身粹骨，死于非命。
在炮击之后，人民军向日军的阵地发动了进攻，由俄国雇佣军团打头阵。日本陆军对于白刃战的技术是相当重视的，几乎每一个日本陆军士兵都受过严格的白刃战训练，在日俄战争的战场上可以和俄军拼个势均力敌，甚致还要超出，而在华东参战之初，人民军在白刃战技术上还是要比日军逊色一筹的。
37师团己成立了近2年的时间，白刃战技术的训练是他们平时练得最多的，单以技术来说，己不逊色于在东北战场上参战的日军了。但战场比拼的可不是纯技术，士气、经验、战术都缺一不可，而37师团显然在这三个环节上都都有较大的歉缺，因此在白刃战上，也无法和人民军相抗衡，虽然也有一部份日兵确实在奋力战斗，无奈实力确实不济，扺挡不住人民军的进攻，经过了3个多小时的激战之后，日军的防线终于被人民军突破，随后整个战线顿时全面溃败了下来。
既使是寺内正毅在前线督战，也无法挽回日军的颓势，结果仅一天的时间，人民军就占据了石冈，日军37师团伤亡3000余人，只好退守到土浦。
石冈失守，令东京震动，因为石冈是东京北面的外围防线的重要驻点，然而竟然连一天都守不住，也不得不令人对日军的信心动摇。而且土浦距离东京己不足50公里，可以说是近在咫尺，因此一时东京里人心惶惶，不少人都准备逃离东京，向西南方向撤退，同时社会秩序大乱，有人趁机抢劫、杀人，闹事，一夜之间发生了数十起严重社会事件。
不过日本在这个时候的行事还是分寸的，立到极时的釆取了措施，首先下令对东京实施军管，并加派了巡视的军队、警察，一但发现有违法乱纪者，可以当场击毙；其次是封锁了出入东京的所有道路，严禁居民从东京逃离，这样都逃不出去，也就只好留下来；最后严令传播流言，聚众闹事，一率严办。而且就在第二天，明治天皇颁布诏书，号招东京的居民要团结起来，与人民军决一死战，保卫东京，保卫日本，并且宣称皇室所有成员，都将誓与东京同存亡等等。
由于多年的造神，天皇在日本社会中的威信力还是相当高的，因此天皇的诏书颁布，再加上日本的强硬措施，终于让东京又恢复了正常秩序，同时军心士兵也得到了一定的提升。而桂太郎、伊藤博文、山县友朋等人也才松了一口气。
其实在石冈失守之后，明治天皇就将桂太郎、伊藤博文、山县友朋招入皇宫问讯，并对三人大发雷霆，指责三人有负天皇的信任，将国事搞得一团乱糟。而面对天皇的雷霆震怒，三名日本最具权势的政治家也都只能跪伏于地，向天皇请罪。
其实明治天皇并没有什么实权，但由于日本为了将天皇塑造成日本的形像代表，成为日本民众的共同信仰，以加强日本的凝聚力，因此刻意的将天皇进行神格化，结果反面造就了这样一个怪胎，明明没有政治实权，但在日本政局中却有就无上的权威，连掌握了政治实权的人也必须拜伏在他的脚下。
随后明治天皇才似不经意的称，鉴于现在东京的局势危急，皇室成员是否应撤离东京，暂时避其锋芒，否则万一人民军攻入东京，存皇室成员受辱，将是日本永远的污点。
桂太郎、伊藤博文、山县友朋都是人精，那还不明白天皇的真实用意，其实就是对目前的战局没有信心，害怕东京被人民军攻破，因此想逃离东京。不过三人也都十分清楚，一但天皇撤离东京，那么东京的军心士气将会立刻全盘崩渍，这一仗也就不用打了，无论如何也必须说服天皇留下来。
于是三人立刻向天皇陈明厉害，在这个时候是决不能撤离东京的，否则日军必败，日本也将亡国灭种，并且又再三向天皇保证，只要天皇不离开东京，那么日本军队将绝对会守住东京，誓死保卫天室，决不会让皇室受辱。
明治天皇也知道，如果这三个人不同意，自己也不可能离开东京，没有政治实权是自己最致命的弱点，因此也只能免强同意留在东京，并且发表了诏书提振士气。